1. Equipements du laboratoire microbiologie

      Real time PCR: CF * 96 de Bio - Rad :
      Cette machine est caractérisée par 96 puits, à haute uniformité de température avec un changement de température très rapide permettant de gagner le temps. Les applications sont dans tous les domaines.
      Elle comprend 8 canaux avec 8 possibilités de fluorescence(FAM, HEX…), Elle est connectée à l’internet donc, elle peut envoyer les résultats par mail, On peut l’utiliser comme un thermocycleur classique, et avec un gradient de température ce qui nous permet de faire une optimisation d’un gène avec le moindre de temps.

       

      Pyrocequenceure:
      C’est la première machine installée dans le moyen –orient, c’est un nouvel  principe de séquençage d’ADN ave une haute détection des mutations des gènes. On peut séquencer un gène et déterminer ses régions mutées et identifier une bactérie par une courte région à partir de n’importe quel échantillon biologique.  
      Il est caractérisé par :
      •          96 puits et une « work station » pour faciliter la préparation de l’ADN à séquencer
      •          Très rapide, on peut séquencer 96 specimen dans une heure seulement.
      Cette machine comprend 2 softwares accessoires :
      *          Assay Design: pour désigner le gène à séquencer et déterminer les primers et choisir les plus adaptés à cette machine.
      *          Identifire: c’est un programme avec une base de données des séquences de toutes les bactéries A l’aide de ce programme on peut identifier la bactérie après son séquençage par comparaison de sa séquence avec la base de données.

       

      Lyophilisateur (Christ)
      Utilisé avec des adapteurs  multiples pour toute sorte d’échantillon bactériologique, chimique et biochimique.

       

      Bain Marie :
      Caractérisé par une élévation rapide de températures jusqu'à 100 C,
      Utilisé pour l’incubation  à température déterminée.

       

      Etuves Memmert :
      Chaque étuve présente un trou d’aération, Chaque étuve est mise à une température déterminée
      pour gagner de temps.

      Hotte a flux Laminaire :

      Pour la sécurité de travail avec des bactéries pathogènes, Deux chambres isolées avec Hepa Filtre et Lampe ultra violet.

       

      Frigo – 80 C:
      Caractérisé par 5 chambres bien isolées et une température stable entre 80 – 85 C  et une serrure pour la sécurité

       

       

       

      Réfrigérateurs et une freeze:
      • Un réfrigérateur pour réserver les milieux de culture déjà préparés, les solvants organiques, les disques Antibiotiques  et les suppléments  Antibiotique.
      • Le deuxième réfrigérateur pour réserver les Galeries de l’identification biochimique des bactéries, le kit immunologique.

      • Le freeze  à– 20 C, pour les kits moléculaires (primer, Mix) et les ADN déjà extractés des bactéries.

       

      Micro-centrifugeuse Eppendorf:

      Caractérisée par une vitesse de 13400 rpm, sans bruit et adaptée pour les tubes de 1.5 ml, Utilisée spécialement dans l’extraction d’ADN.

       

      Thermocycleur C1000 Bio-rad:

      Utilisé pour la PCR conventionelle, caractérisé par 96 puits et un changement rapide de la température à 2 différentes étapes.

       

      Microscope à fluorescent :

      C’est un microscope pour détecter des protéines (récepteur, enzymes, structure) et des microorganismes difficiles à cultiver( pneumocystis jirovecii , chlamydia..).C’est un Microscope avec une émission ultra-violet pour exciter les anticorps à fluorescent spécifique contre les matériels à chercher

       

      Station Electrophorèse (Bio-rad):
      Il s’agit de 2 stations d’électrophorèse avec  2  générateurs.

      Chaque  générateur possède  4 out –put  pour 4 stations en parallèle. Elle est caractérisée par une grande stabilité de Voltage avec un chronomètre automatique

       

      Ice Maker :

      C’est la machine qui fournit les glasses pour la manipulation à froid comme le mix de biologie moléculaire, l’extraction des matières …etc.

       

      Autoclave:
      C’est la machine de stérilisation à vapeur, utilisée pour tuer le microorganisme tout en préservant les matières organiques.
      Machine de l’eau ultra pure et distille :

      Evaporation de l’eau après filtrage par des filtres Spécifiques, donc on obtient eau distillée, et après une station de ultra filtrage avec lampe UV pour obtenir eau ultra pure utilisée dans la biologie moléculaire et la LCMS.

      Sonicateur :

      C’est une machine qui fournit des micro-ondes pour différente utilisation exemple: Lyse des cellules, coupure non spécifique  de l’ADN

       

      Gel Doc: XR Camera: Bio-Rad:

      Cette machine est pour la visualisation des ADN amplifiés par le thermocycleur.
      Elle est caractérisée par une Lampe blanche et une Lampe UV avec 2 filtres et un software qui analyse le résultat( taille de la bande, matching et la densité de la bande.).
      Les machines dans le laboratoire en commun sont utilisées par tous les personnels (biotechno , microbio)

      Machine de soudage:

      Pour des tubes de lyophilisateur pour éviter la contamination des tubes contenant des bactéries lyophilisées.



      Le système COBAS® TaqMan® 48:
      Il S’agit d’un appareil  destiné à l'amplification et à la détection d'ADN ou d'ARN  (virus, bactéries) dans les laboratoires cliniques.  Grâce à sa technologie innovante de PCR en temps réel, il réduit les étapes manuelles et la durée d’analyse. Les tests COBAS ® TaqMan ® 48 utilisent toujours un témoin interne et un standard de quantification pour détecter une éventuelle inhibition lors de l'amplification et vérifier les résultats négatifs.  Avec  ses deux thermocycleurs,  il peut, au besoin, traiter différents paramètres en parallèle.
      Grace à ce système, il est possible d’effectuer une quantification pour les acides nucléiques de :

      Virus de l’immunodéficience humain type1 (HIV1), Virus de l’hépatite B, Virus de l’hépatite C


      GENOMICA- CLART® :


      CLART ® est une plate-forme de faible densité basée sur le principe de biopuce (Microarray) pour une utilisation clinique, qui permet la détection simultanée de multiples cibles en une seule étape. Le traitement des échantillons est simple, directe et l'analyse des données se transforme en résultats cliniques par une unité de lecture (RAC ®) utilisant le logiciel (SAICLART ®)
      La simplicité de CLART ® rend cette technologie adaptée à chaque laboratoire de diagnostic moléculaire. CLART ® fournit des résultats rapides, sensibles et précises qui répondent aux normes de qualité les plus élevées, et permet au clinicien de prendre les bonnes décisions dans un délai court.
      Plusieurs kits sont disponibles  pour:
      -            Génotypage  d e  Papillomavirus humain (CLART® HPV2)
      -            Détection de 19 virus respiratoire (CLART® PneumoVir)
      -            Détection des Virus herpétiques humains et Entérovirus (9 virus) dans le liquide céphalo-rachidien (CLART® ENTHERPEX)
      -            Détection  des désordres dans le métabolisme des os (CLART® MetaBone)
      -            Détection des bactéries et champignons responsables de choc septique (CLART® SeptiBac )
      -            Détection des bactéries responsables des diarrhées bactériennes (CLART® EnteroBac )
      -            Détection des mutations oncogènes somatiques spécifiques (KRAS•BRAF•PI3K ) (CLART® CMA)


       

      Le système GeneXpert®

      Le système GeneXpert est le premier et le seul système au monde doté d'un accès aléatoire entièrement automatisé, conçu pour gérer l'ensemble du déroulement des tests moléculaires, depuis les données d'échantillon et le chargement/déchargement de la cartouche jusqu'au rapport final des résultats de test et à l'élimination des cartouches. L’ensemble  des tests de diagnostic moléculaire sont réalisables, notamment :
      -            Xpert SARM pour le dépistage du SARM en réanimation en 75 minutes
      -            Xpert SARM/SASM pour le dépistage en chirurgie cardiaque et orthopédique en 56 minutes

      Xpert SARM/SASM pour les infections des peaux et tissus mous en 56 minutes
      -            Xpert SARM/SASM pour le diagnostic en 56 minutes des bactériémies ou septicémies à S. aureus à partir d'hémoculture
      -            Xpert Streptocoque B pour le dépistage intrapartum du portage du Streptocoque de groupe B en 35 minutes  à 52 minutes si positif
      -            Xpert MTB-RIF pour la détection du complexe Mycobacterium tuberculosis et de sa résistance à la rifampicine en 90 minutes
      -            Xpert C. difficile pour la détection des souches toxigéniques et épidémiques de Clostridium difficile en 45 minutes
      -            Xpert vanA/vanB pour la détection des gènes vanA/vanB conférant la résistance à la vancomycine (ERV) en  45 minutes
      -            Xpert Flu A Panel pour la détection en moins d’une heure des virus grippaux de type A et identification de la souche A(H1N1)2009 en 45 minutes
      -            Xpert EV pour l'identification des méningites à entérovirus en 150 minutes
      -            Xpert® BCR-ABL pour le test de surveillance quantifiant la translocation BCR-ABL des patients atteints de Leucémie Myéloïde Chronique
      -            Xpert® HemosIL® FII & FV pour le Diagnostic des mutations génétiques des facteurs II et V.


      Bact / Alert

      Cette machine est utilisée pour la culture du sang (Hémoculture) à la recherche des bactéries dans le sang (septicémie)
      1-La méthode conventionnelle exige plusieurs jours avant d’avoir un résultat positif
      2-  Bact / Alert ets beaucoup plus rapide
      3-La principe est d’incorporer dans les flacons d’hémoculture un détecteur colorimétrique CO2 sensor . la production du CO2 par les bactéries entraine une diminution de PH qui modifie le couleur  du sensor

      4-  Rapide et sensible

       

      Rotaphor
      1- Principe électrophorèse en en champ pulsé (ECP)
      2- Séparation de grosses molécule d’ADN (Jusqu’à  6Mb=6000kb)
      3- Contrairement aux instruments d’ECP classiques avec des électrodes fixes, rotaphor  dispose d’électrodes trouvantes libres. cette fonctionnalité est d’une importance particulière pour la séparation de très grosse molécule d’ADN 
      4-  Application : Epidémiologie et typage bactériologique



      Smart incubateur contrôlée (wisd)
      Ecran tactile TFT LCD, Design ergonomique pour l’interface utilisateur intuitive, Programme de contrôle: Motif multiple avec plusieurs segments, Enregistrement des données: Sur l’écran graphique de température, Stockage USB pour les données enregistrées, Connectivité Internet avec WiFi, Surveillance et contrôle à distance par le Service WiReTM
      § La fonction de gestion de stockage: Notez l’emplacement des échantillons dans la chambre
      § Auto-diagnostic Fonction:

      Check & alarme automatique pour les échecs dans les parties clés, Notification en temps réel de toute défaillance de l’équipement aux États-Unis (s), au Service Man et au fournisseur, à travers Service WiReTM

      HPLC pour la Purification des peptides

      HPLC est une machine de chromatographie liquide de Haute-Performance qui peut détecter différentes mocules qui se trouvent en faible concentration dans les échantillons.
      Dans le laboratoire LMSE, cette machine est utilisée pour détecter et purifier des peptides antimicrobiens d’intérêt médical et alimentaire.
      Après extraction et semi-purification de ces peptides (parfois nouveaux peptides d’origine bactériennes comme les Bactériocines) cette machine pourra purifier totalement les peptides par une phase inverse et en utilisant une colonne d’échangeuse des cations.

       

      Elisa Reader :

      cid:17867ca4-f90f-4451-a779-e8822b54f834@eurprd09.prod.outlook.comThe ELx800™ is a cost-effective, high quality absorbance reader designed for applications within the clinical, biotechnology research and pharmaceutical laboratory. Its compact footprint and proven robust design makes it an ideal solution for many microplate based biological assays. Gen5 Software controls the ELx800, expanding the reader’s capabilities to include kinetics and well area scanning measurements. Gen5 offers unsurpassed data reduction capability as well as customizable data output options.
        6-, 12-. 24-, 48-, 96- and 384-well compatibility, Robust, proven low maintenance hardware, Excellent performance from 340 nm to 750 nm, Extensive data analysis with available Gen5 Microplate Reader and Imager Software

      Washer :

      The ELx50 Microplate Strip Washer is a truly flexible platform that provides washing capabilities unsurpassed in its class. As a welcome upgrade from manual processing, the ELx50 is ideally suited for academic, clinical and veterinary diagnostic laboratories. Typical Applications: ELISA, Cell-based assays, ELISPOT assays


      cid:9ac140de-063d-4925-8d60-a2ab7fb1091c@eurprd09.prod.outlook.comAutoclave:
      C’est la machine de stérilisation à vapeur, utilisée pour tuer le microorganisme tout en préservant les matières organiques.
      Machine de l’eau ultra pure et distille :

      Evaporation de l’eau après filtrage par des filtres Spécifiques, donc on obtient eau distillée, et après une station de ultra filtrage avec lampe UV pour obtenir eau ultra pure utilisée dans la biologie moléculaire et la LCMS.

      Bain Marie :

      cid:97c27520-1615-42d4-bb4b-23c1f1171665@eurprd09.prod.outlook.comCaractérisé par une élévation rapide de températures jusqu'à 100 C, Utilisé pour l’incubation à température déterminée.


      cid:41ed0048-c0b0-4fce-8806-6e05aac9a5e3@eurprd09.prod.outlook.comCentrifugeuse :
      Séparer des liquides de densités différentes ou  séparer les éléments solides en suspension dans un liquide. 

      La séparation  des éléments d’un mélange se fait par rotation  à grande vitesse sous l’action de la force centrifuge.

      cid:78eb2e1b-0b66-4500-929b-47b0663cc47a@eurprd09.prod.outlook.comMaldiTof :

      VITEK® MS is an automated mass spectrometry microbial identification system that uses Matrix Assisted Laser Desorption Ionization Time-of-Flight (MALDI-TOF) technology. VITEK® MS contains a comprehensive IVD-CE marked database for bacteria and fungi, including mycobacteria, Nocardia and moulds.

      Congélateur et Réfrigérateur:
      Le frigidaire et le congélateur permettent de stocker le milieu de culture, le sérum, les antibiotiques, les vitamines, les enzymes, etc…

      Hotte à flux laminaire HFsafe-900

      La hotte à flux laminaire vertical HFsafe-900 assure un environnement stérile du plan de travail grâce au filtre HEPA conçu pour offrir une efficacité de stérilité atteignant 99,999% contre les contaminants de diamètre 0.10-0.20 um DOP. Cette hôte est équipée une lampe UV  à effet germicide assurant une stérilisation durable lorsque la hotte n’est pas utilisée.

      cid:4544becd-043c-4c0f-a689-692547e99e2b@eurprd09.prod.outlook.comIncubateur à CO2
      Un incubateur à CO2 classique de marque Heal Force est disponible pour cultiver des cellules dans des conditions stériles et fiables. Il est équipé d’une lumière UV pour lutter contre la croissance des champignons et de tout autre contaminant